インボイス制度をわかりやすく解説【2026年10月改正版】2割特例終了でどう変わる？

インボイス制度が始まって2年以上が経ち、制度自体はすっかり定着してきました。ただし、2026年10月には制度の運用が大きく変わります。特に、免税事業者から課税事業者になった方などが利用できる「2割特例」が2026年9月30日までの日の属する課税期間で終了するため、対応を確認しておく必要があります。本記事では、インボイス制度の基本をおさらいしつつ、2026年10月からの変更点を整理します。

インボイス制度とは？（基本のおさらい）

インボイス制度とは、正式名称「適格請求書等保存方式」の通称で、インボイス（適格請求書）を用いることによって消費税の仕入税額控除を受けられる制度です。国税庁に登録した適格請求書発行事業者だけがインボイスを発行できます。

買い手は、自社が支払った消費税額を申告して控除を受けられ、売り手はインボイスをもとに消費税を正確に申告・納付します。免税事業者は、課税事業者になってインボイス発行事業者の登録をしなければ、インボイスを発行できません。

制度の目的は、税金の申告や控除をスムーズかつ正確に行うことです。買い手は自社が支払った消費税額を申告して控除を受けられ、売り手はインボイスをもとに消費税を正確に申告・納付できます。税務署にとっても、取引ごとの消費税額・税率を正確に把握できるため、適正な税金の徴収につながります。

消費税の仕入税額控除とは

インボイス制度と切り離せないのが「仕入税額控除」の仕組みです。仕入税額控除とは、事業者が仕入れた商品やサービスにかかった消費税を、自社が納めるべき消費税から差し引ける制度で、消費税の二重課税を防ぐ役割があります。課税事業者は、売上にかかる消費税額から仕入にかかる消費税額を差し引いて、納税額を計算します。

インボイス制度が始まったことで、原則として、適格請求書等の保存が仕入税額控除の要件となりました（免税事業者等からの仕入れについては、一定期間、仕入税額相当額の一部を控除できる経過措置が設けられています。詳しくは後述します）。

課税事業者・免税事業者それぞれへの影響

課税事業者の場合

仕入先から発行されるインボイスをもとに、仕入にかかった消費税額を控除できます。取引先がインボイス発行事業者に登録しているかどうかによって、控除できる金額が変わるため、主要な取引先の登録状況を把握しておくことが重要です。

免税事業者の場合

課税事業者になってインボイス発行事業者の登録をすれば、インボイスを発行できるようになり、販売先も仕入税額控除を受けられます。登録しない場合は、これまでどおり消費税の申告・納税は不要ですが、取引先にとっては仕入税額控除を受けられない（または経過措置により一部しか受けられない）ため、価格交渉や取引継続の判断材料にされることがあります。登録するかどうかは、売上規模や主要取引先の意向を踏まえて判断する必要があります。

2026年10月、インボイス制度は何が変わる？

2026年10月には、インボイス制度の運用が大きく変わります。ポイントは次の4つです。

免税事業者から課税事業者になった方などが利用できる「2割特例」が2026年9月30日までの日の属する課税期間で終了する（個人事業主の場合は2026年分が最後）
終了にあわせて、個人事業主限定の「3割特例」が新設される（2027・2028年分に適用）
免税事業者からの仕入れにかかる仕入税額控除の割合が、80%から70%に縮小される
一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額が1億円を超える場合、超過部分について経過措置による仕入税額控除が受けられなくなる新ルールが加わる（改正前は10億円）

いずれも消費税の納税額や仕入コストに直結する変更で、2割特例を利用してきた事業者や、免税事業者との取引が多い企業への影響が大きいものです。数値例を交えた詳しい解説と、立場別のチェックリストは、「2026年10月からインボイス制度がどう変わる？」の記事にまとめていますので、あわせてご確認ください。

インボイス対応のために今からできること

取引先ごとに、課税事業者・免税事業者のどちらか、インボイス発行事業者として登録しているかを一覧化しておく
請求書のフォーマットが、登録番号や税率ごとの消費税額など、必要な記載事項を満たしているか確認する
証憑書類管理システムを導入・見直しし、インボイスの記載漏れや保存要件の不備を防ぐ体制を整える
電子帳簿保存法の要件にも対応した形でインボイスを保存できているか、あわせて確認する（詳しくは「インボイス制度と電子帳簿保存法の関係」の記事で解説しています）

まとめ

インボイス制度は運用が定着した一方で、2026年10月には2割特例の終了、3割特例の新設、仕入税額控除の経過措置縮小など、実務に直結する変更が重なります。特に2割特例を利用してきた事業者や、免税事業者との取引が多い企業は、早めに自社への影響を確認しておくことをおすすめします。

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