2026年10月からインボイス制度がどう変わる？2割特例終了・3割特例・経過措置スケジュールを徹底解説

2026年10月、インボイス制度の運用は大きな節目を迎えます。免税事業者から課税事業者になった方の多くが利用してきた「2割特例」が終了し、新しい負担軽減措置や、仕入税額控除に関する新ルールも始まります。本記事では、2026年10月に何がどう変わるのかを、数値例と立場別のチェックリストを交えて詳しく解説します。

※本記事の税額計算例は理解のための簡略化した試算です。実際の申告にあたっては、税理士や国税庁の情報で必ずご確認ください。

インボイス制度と電子帳簿保存法の基本的な関係については、こちらの記事もあわせてご覧ください。

2026年10月に何が変わるのか（全体像）

今回の改正で変わるポイントは、大きく5つです。

「2割特例」の適用対象となる課税期間が2026年9月30日までで終了する
個人事業主限定の「3割特例」が新設される（2027年分・2028年分の申告に適用）
免税事業者からの仕入れにかかる仕入税額控除の割合が、80%から70%に縮小される
一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込）が1億円を超えると、超えた部分は控除の対象外になる
2割特例・3割特例を適用した翌課税期間に簡易課税へ切り替える場合、届出書の提出期限が緩和される

それぞれ詳しく見ていきましょう。

①2割特例の終了（2026年9月30日まで）

「2割特例」は、インボイス制度への登録をきっかけに免税事業者から課税事業者になった事業者向けの負担軽減措置で、売上にかかる消費税額の2割を納税額とできるものです。2023年10月1日から2026年9月30日までの日の属する課税期間を対象とした時限措置として設けられていました。

個人事業主の場合、2026年分（令和8年分）までの課税期間で2割特例の適用が終了します。その後は原則として、本則課税または簡易課税制度のいずれかで消費税を計算することになりますが、一定の条件を満たす個人事業主については、2027年分・2028年分（令和9年分・令和10年分）に限り、新設される「3割特例」を選択することもできます（詳しくは次の見出しで解説します）。どの方式を選ぶかによって納税額や事務負担が変わるため、早めに顧問税理士などに相談しておくと安心です。

②3割特例の新設（個人事業主限定・2年間）

2割特例の終了にあわせて、令和8年度税制改正で新たに「3割特例」が新設されました。対象・条件は次のとおりです。

主な適用要件：インボイス制度への登録をきっかけに免税事業者から課税事業者になった個人事業主（法人は対象外）で、かつ基準期間（2年前）の課税売上高が1,000万円以下であること
適用期間：令和9年分・令和10年分（2027年分・2028年分）の消費税申告
内容：売上にかかる消費税額の3割を納税額とできる

売上（税抜）500万円、消費税率10%の個人事業主を例に、2割特例と3割特例で納税額がどう変わるかを比べてみます（軽減税率や仕入控除は考慮しない簡易試算です）。

	2割特例（〜2026年9月）	3割特例（2027・2028年分）
売上にかかる消費税額	50万円	50万円
適用割合	2割	3割
納税額	10万円	15万円

同じ売上でも、3割特例に切り替わることで納税額は5万円増える計算です。2割特例終了後の急激な負担増を和らげる措置ではありますが、負担そのものは増える点は押さえておきましょう。

③免税事業者からの仕入税額控除スケジュールの全体像

インボイス制度では、免税事業者からの仕入れであっても、経過措置期間中は一定割合を仕入税額控除できます。この割合は段階的に縮小されるスケジュールになっています。

期間	控除できる割合
2023年10月〜2026年9月	80%
2026年10月〜2028年9月	70%
2028年10月〜2030年9月	50%
2030年10月〜2031年9月	30%
2031年10月以降	控除不可（0%）

免税事業者と継続的に取引がある企業は、2026年10月から控除できる消費税額が減る分、実質的な仕入コストが段階的に上がっていくことになります。

④免税事業者からの課税仕入れ1億円超は控除対象外に

令和8年10月1日以後に開始する課税期間からは、新たな上限も加わります。「一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込）」が、その課税期間中に1億円を超える場合、超えた部分については、上記の経過措置による仕入税額控除自体が使えなくなります。この上限は改正前は10億円でしたが、令和8年度税制改正で1億円に引き下げられました。

なお、この1億円基準が適用されるのは「令和8年10月1日以後に開始する課税期間」からです。個人事業主や12月決算法人であれば2026年分（課税期間）から対象になりますが、決算期が異なる法人（たとえば3月決算法人）の場合、2026年10月をまたぐ課税期間には旧基準（10億円）が適用され、1億円基準が適用されるのは2027年4月開始の課税期間からになる点に注意が必要です。

ある課税期間に、同一の免税事業者から税込1億2,000万円の課税仕入れを行った場合を考えてみます（消費税率10%として消費税相当額1,200万円）。

区分	金額	取り扱い（1億円基準が適用される課税期間）
1億円までの部分	消費税相当額1,000万円	経過措置の対象（70%控除→700万円控除可）
1億円を超える部分（2,000万円）	消費税相当額200万円	控除対象外（0円）

同じ免税事業者からの仕入れでも、1億円を境に控除できる・できないが分かれる点に注意が必要です。取引規模が大きい発注企業ほど、この上限の影響を受けやすくなります。

⑤簡易課税への切り替えがしやすくなる特例

簡易課税制度を選択する場合、本来は「適用を受けたい課税期間が始まる前日まで」に消費税簡易課税制度選択届出書を提出する必要があります。しかし令和8年度税制改正では、2割特例・3割特例を適用した課税期間の翌課税期間から簡易課税制度に切り替えたい場合に限り、この提出期限が緩和されました。

具体的には、2割特例・3割特例を適用した翌課税期間中（原則としてその課税期間の申告期限まで）に届出書を提出すれば、事前提出でなくても、その課税期間から簡易課税制度の適用を受けられます。たとえば、2026年分（令和8年分）まで2割特例で申告していた個人事業主が、2027年分（令和9年分）から簡易課税に切り替えたい場合、2027年中に届出書を提出すれば、2027年分から簡易課税が適用されます。2割特例・3割特例の終了後に本則課税へ移行するかどうかを、期限ぎりぎりまで見極めやすくなる実務上の緩和措置です。

立場別チェックリスト

免税事業者から課税事業者になった個人事業主の方

2026年分（令和8年分）で2割特例が使えなくなることを踏まえ、その後の消費税計算方法（本則課税・簡易課税・3割特例）を検討する
基準期間の課税売上高が1,000万円以下であれば、2027・2028年分は3割特例の対象になるか確認する
3割特例でも納税額が増える点を踏まえ、資金繰りを見直しておく
簡易課税への切り替えを考えている場合、翌課税期間中の届出書提出で間に合う緩和措置があることを踏まえ、判断のタイミングを検討する

免税事業者と取引がある発注企業（課税事業者）の方

主要な仕入先が免税事業者かどうかを、あらためて確認する
自社の課税期間が2026年10月をまたぐ場合、控除割合70%・1億円基準がいつから自社に適用されるかを確認する
特定の免税事業者からの課税仕入れの合計額（税込）が1億円を超えていないか確認する
影響が大きい場合は、取引条件の見直しや、インボイス発行事業者への切り替え交渉も検討する

まとめ

2026年10月は、インボイス制度にとって2023年の制度開始以来の大きな節目です。2割特例の終了と3割特例の新設は個人事業主の消費税負担に直結し、仕入税額控除の縮小と1億円上限のルール、簡易課税への切り替え緩和措置は、免税事業者と取引のある企業や個人事業主の実務対応に直結します。自社・自分がどの立場に当てはまるか、また自社の課税期間にはいつから新ルールが適用されるかを早めに確認し、必要な準備を進めておきましょう。